总的来说，你考虑的没错。
广义的透射率是这样定义的：
透射比又称投射系数（也有的文献把投射系数定义为投射入射光波振幅比），是透过材料或介质的光通量或辅通量与入射通量之比。一种材料投射比的大小取决于入射光的方向、材料内部的分子结构及材料的厚度等因素。
因此实际应用中，对一个（透射）器件的总的透射率评价主要来自两个方面——两个表面的透射率和一定厚度的一定材料的吸收。
但是，由于一般的光学玻璃的吸收较之表面的反射损耗来说很小，所以，对一般的投射元件而言，计算其透射率主要考虑两个表面就可以了。现代制造条件下，好的元件光学表面都镀膜，久而久之，人们谈到元件的透射比，大多是在谈这个元件的表面的镀膜的透射比。

当然，你考虑到元件的厚度这个思路是没为题的，如果想更精确一些的话，是应该考虑材料的吸收。具体公式可以参考这个：
先定义由材料吸收产生的为透过率为τ，
当光亮度为1，经1cm传播，剩下τ。若传播 dcm, 则，dcm厚材料的透过率为τ的d次幂。

另外对于滤色片或偏振片等商品化的原件，厂家所提到的投射比是应该指考虑了两个界面和材料吸收总的效应在内的投射比（如果是个规范的厂家的话）。

个人看法，供参考